大多数病人无症状，或偶有腹部绞痛，或有排便习惯的改变。主要为阿米巴包囊携带者，多在普查时发现。无侵袭力的阿米巴滋养体不含有红细胞，粪便出血少，结肠镜检粘膜正常。多数病人可在数月后自愈，小部分病人持续数月至数年并发展成为阿米巴病。而且,这部分病人是本病重要的传染源。
阿米巴在男性同性恋中是性传播疾病，其粪便能找到阿米巴者髙达1/3。阿米巴也是艾滋病病人腹泻的原因之一。
急性阿米巴结、直肠炎病人多主诉腹泻、血便、腹痛(1~3周)，一般症状轻，食欲正常而能继续工作。约有1/5的病人病史在4周以上，全部病人都有腹泻或痢疾，发热占1/3，常有体重下降。粪便内可无白细胞，但血液均为阳性。慢性病人，病史可达5年以上，常有腹痛间歇性腹泻、粘液便及体重下降等，粪便内阿米巴可持续阳性。
肠道病变严重，而且合并有细菌感染，偶可引起暴发性阿米巴痢疾,临床表现急骤而凶险，除腹痛、腹汚严重外，可出现中毒性休克、肠出血及肠穿孔等井发症。有文献统计,因肠穿孔造成腹膜炎者占 3.2%—7.48%。
阿米巴瘤占阿米巴结肠炎病人的0.5%~1.5%，阿米巴痢疾病人的2/3，体检常可触及有压痛的肿块。钡灌肠可见病变，结肠镜活检可以确诊。抗阿米巴化学治疗有效。
合并阿米巴肠狭窄者不到1%，其肉芽组织中可查到阿米巴，可采用抗阿米巴治疗。
急性阿米巴未得及时有效治疗，迁延成慢性，症状可持续数月或数年不愈，或反反复作，时好时坏。
阿米巴原虫已被消灭，有资料指出0.7%的病人转变为非特异性溃疡性直肠炎。
