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幽门螺杆菌有不同的种属，许多种属分泌的物质没有毒性或毒性较小，如果感染的是这些幽门螺杆菌，通常不会引起疾病。某些种属的幽门螺杆菌产生的物质有毒性，能使胃黏膜产生炎症和免疫反应，成为慢性胃炎的主要致病因子，与消化性溃疡和胃癌的发病密切相关。
